처음 설치할 경우 MoniSetup을 이용해서 config.php를 만들게 된다.
여기서 가장 중요한 것은 $url_prefix를 고치는 것이다. 이 값은 초기에 자동으로 설정되며,
이 값을 제대로 지정하면 MoniSetup에서 다음과 같은 로고 그림을 볼 수 있다.
처음 실행하면 monisetup.php가 자동으로 뜨며 자신의 환경에 맞는 config.php를 가 만들어진다.
다시 monisetup.php를 열면 필요한 몇몇 디렉토리가 만들어진다.
MoniWiki를 처음 설치할 경우는 WikiSeed를 심을것인지를 선택한다.
씨앗을 심는 경우는 불필요한 페이지가 들어갈 수 있는데, 어느정도 익숙해졌다고 생각되면 지워도 되며, 아예 처음부터 설치하지 않아도 된다.
그러나 초보사용자라면 SystemPages는 반드시 설치하는 것을 권장한다.
MoniSetup을 실행시킬 때, $admin_passwd를 설정하면 자신만 DeletePage할 수 있다. 이 값을 설정하면, 차후에 MoniSetup을 할 때 이 값을 알아야 고칠 수 있으며, config.php에 이 값이 들어가므로 수동으로 고칠 수 있다. See also AdminPassword
$rcs_user의 기본 값은 "root"이나, 위키를 처음 설치할 경우는 이 값을 조절할 수 있다. 한번 결정한 후에는 이 값을 계속해서 써야한다.
윈도우즈에서 설치할 때에 이 값이 바뀔 수 있다. 업그레이드를 하여 데이타를 옮겼을 경우에 이 값을 계속 유지하도록 해주어야 한다.
모니위키 1.1.3 이후 최신 버전부터는 UpgradeScript를 제공하여 보다 편리하게 업그레이드/다운그레이드를 할 수 있다.
특별한 경우가 아니라면, 덮어쓰는 것만으로 업그레이드 할 수 있다. 원 파일을 수정하였을 경우라면 덮어쓰는 것을 선택적으로 해주어야 할 것이다.
기존의 data디렉토리는 전혀 덮어씌여지지 않는다. 그러나 만약의 실수를 대비하기 위해서 업그레이드 하기 전에는 data/text 디렉토리의 내용을 백업해 두는 것이 좋을 것이다.